Markus Kühlert forscht als Ökonom seit 2015 am Wuppertal Institut in der Abteilung Nachhaltiges Produzieren und Konsumieren. Als Co-Leiter der Forschungsbereichs Produkt- und Konsumsysteme arbeitet er insbesondere zu Strategien und Methoden des betrieblichen Nachhaltigkeitsmanagements. Von 2013 bis 2015 war er freier Gutachter u. a. für die Deutsche Gesellschaft für Internationale Zusammenarbeit mit dem Schwerpunkt nachhaltiges Wirtschaften im Kontext der deutschen Entwicklungszusammenarbeit.